foldit

详细介绍

Rosetta@home是一个基于伯克利开放式网路计算平台（BOINC）的分散式计算项目。该项目由华盛顿大学贝克实验室开发和维护，用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质对接和蛋白质设计的研究。截至2009年12月9日，全球共有8.2万台计算机是这一项目的活跃志愿者，平均执行速度达99万亿FLOPS。Rosetta@Home还开发了一款电子游戏Foldit，目的是通过众包（crowdsourcing）途径来实现上述研究目标。儘管这个项目很大程度上侧重于进行提高蛋白质组学方法的精确性和稳固性的基础研究，它也进行一些关于爱滋病、疟疾、癌症、阿兹海默病以及其他疾病的病理学的套用研究。

游戏<a href=http://www.zzww.net/tag/huamian.htm target=_blank class=infotextkey>画面</a> 游戏画面

与其他BOINC项目一样，Rosetta@home 使用志愿者的计算机中空闲的进程资源来执行单独的单元计算。计算结果会被传送到项目的中央伺服器，经验证后存入资料库中。这个项目是跨平台的，支持多种不同的软体和硬体环境。用户可通过Rosetta@home的萤幕保护程式观看正在自己计算机上进行的蛋白质结构预测的情况。

除了疾病相关研究，Rosetta@home网路还是结构生物信息学中新方法的一个测试框架。这些新方法经Rosetta@home庞大且多样的用户群体使用后，若运行效果稳定，将会被用于其他基于Rosetta的应用程式，例如RosettaDock和人类蛋白质组摺叠项目。新方法测试中的两个重要项目是蛋白质结构预测技术的关键测试（CASP）和互动作用预测的关键测试（CAPRI）。这两项测试实验分别用于评估蛋白质结构预测和蛋白质-蛋白质对接预测的最前沿技术。Rosetta@home稳居最重要的对接预测器之一，并且是现有最好的蛋白质三级结构预测器之一。

定义

Foldit是一个实验性的蛋白质摺叠电子游戏，结合了众包与分散式计算的思想。由华盛顿大学的计算机科学和工程学系和生物化学学系（同一批人中，很多人也参与创建Rosetta@home）联合共同开发。

Foldit提供一系列教程，让用户试着操纵简单的类蛋白质构造，并定期更新以真实蛋白质结构为基础的谜题。该程式让用户在工具辅助解谜，就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动，一个“分数”会根据摺叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组，分享各自的方案。也有小组高分榜。

生物製造主要蛋白质结构的方式（蛋白质生物合成）在原理上已经为人类所理解，此即蛋白质DNA测序的方法。而解明肽链是如何摺叠成三维的蛋白质结构更为困难；虽然大致的程式已经为人所知，但蛋白质结构预测还是需要大量的运算。

Foldit尝试利用人脑天生的三维图形匹配能力。目前该程式出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质；通过分析人类在解这些谜题时的直觉思考途径，研究者希望能改进现有蛋白质摺叠软体所用的算法。

科学家们一直研究爱滋病的逆转录酶，已有十五年之久，这种蛋白质酶是爱滋病毒在活体细胞中複製和繁殖自己的重要关键，但在游戏中逆转录酶的结构在十天内玩家们破解。

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中国人民解放军海军航空大学

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